Kegiatan pengelompokan makhluk hidup menjadi golongan-golongan disebut klasifikasi. Cabang ilmu yang khusus mempelajari klasifikasi disebut taksonomi.
Mengklasifikasikan hewan dan tumbuhan tidaklah mudah. Pengelompokan ini harus disetujui oleh para ahli biologi. Cara-cara pengelompokan makhluk hidup berdasarkan ciri-ciri yang dimilikinya disebut klasifkasi makhluk hidup.
Para ahli berupaya mengelompokkan makhluk hidup secara umum berdasarkan kekerabatannya. Klasfikasi ini disebut Sistem Filogeni. Pengelompokan sistem ini terus-menerus mengalami perkembangan. Beberapa istem pengelompokan itu adalah sebagai berikut.
1. Sistem Dua Kingdom
Sistem dua kingdom pertama kali dikemukakan oleh Aristoteles, seorang ilmuwan sekaligus filsuf dari Yunani. Dalam sistem ini makhluk hidup dibagi menjadi kingdom Plantae dan Animalia.
a. Kingdom Plantae (kerajaan tumbuhan), meliputi berbagai makhluk hidup yang mempunyai ciri berdinding sel dan berklorofil. Yang termasuk ke dalam kingdom ini adalah: bakteri, jamur, ganggang, paku, dan tumbuhan berbiji.
b. Kingdom Animalia (kerajaan hewan), meliputi berbagai makhluk hidup yang memiliki ciri tidak berdinding sel dan tidak memiliki klorofil. Yang termasuk dalam kigndom ini adalah: Protozoa, Porifera, Coelenterata, Mollusca, Arthropoda, Echinodermate, dan Chordata.
2. Sistem Tiga Kingdom
Klasifikasi tiga kingdom membagi makhluk hidup menjadi tiga kerajaan, antara lain:
a. Kingdom Monera, adalah kelompok makhluk hidup yang memiliki ciri tersusun dari satu atau banyak sel dan belum memiliki membran inti. Yang termasuk kingdom ini adalah: bakteri dan ganggang hijau/biru
b. Kingdom Plantae, adalah kelompok tumbuhan. Yang termasuk dalam kingdom ini adalah: jamur, lumut, paku, dan tumbuhan biji.
c. Kingdom Animalia, adalah kelompok hewan. Yang termasuk dalm kingdom ini adalah: Protozoa, Porifera, Coelenterata, Mollusca, Arthropoda, Echinodermate, dan Chordata.
Namun demikian ada juga yang mengembangkan klasifikasi tiga kingdom yang berbeda. Misalnya Haeckel pada tahun 1866 mengusulkan makhluk hidup dikelompokkan menjadi tiga kingdom, yaitu Protista, Plantae dan Animalia.
Kingdom Protista adalah kelompok makhluk hidup yang tersusun atas satu atau banyak sel, memiliki membran inti, dan memiliki organel. Yang termasuk ke dalam kingdom ini adalah: Protozoa, ganggang, dan jamur. Sehingga menurut sistem ini, Kingdom Plantae hanya terdiri dari lumut dan tumbuhan berpembuluh.
3. Sistem Empat Kingdom
Sistem empat kingdom terdiri dari:
a. Kingdom Monera, terdiri dari: bakteri dan ganggang hijau/biru
b. Kingdom Fungi, terdiri dari: jamur
c. Kingdom Plantae, terdiri dari: lumut, paku, dan tumbuhan biji.
d. Kingdom Animalia, terdiri dari: Protozoa, Porifera, Coelenterata, Mollusca, Arthropoda, Echinodermate, dan Chordata.
4. Sistem Lima Kingdom
Pencetus klasifikasi sitem lima kingdom ini adalah Robert H. Whittaker, seorang ahli biologi Amerika Serikat pada tahun 1969. Dalam klasifikasi ini Whittaker mengelompokkan makhluk hidup dalam Kingdom Monera, Protista, Fungi, Plantae, dan Animalia. Kingdom baru yang ditambahkan adalah Protista, meliputi berbagai jenis makhluk hidup Uniseluler maupun Multiseluler yang menyerupai jamur, tumbuhan, dan hewan namun tidak dapat dikelompokkan ke dalam Kingdom Fungi, Plantae, dan Animalia.
5. Sistem Enam kingdom
Pada tahun 1990, Carl Woese, seorang ahli biologi molekuler Amerika Serikat, mengembangkan sistem klasifikasi enam kingdom. Dalam klasifikasi ini, beliau membagi kingdom monera menjadi dua kelompok. Bakteri yang mempunyai sifat khusus dikelompokkan dalam Kingdom Archaebacteria. Sedangkan bakteri lain dan ganggang hijau-biru dikelompokkan dalam Kingdom Eubacteria. Jadi dalam sistem enam kingdom, makhluk hidup dikelompokkan menjadi:
a. Kingdom Archaebacteria
b. Kingdom Eubacteria
c. Kingdom Protista
d. Kingdom Fungi
e. Kingdom Plantae
f. Kingdom Animalia
